根據(jù)周恩來(lái)的指示，1969年6月，由河南省革委會(huì)主持，在三門峽召開(kāi)了晉、陜、豫、魯四省會(huì)議。同年12月17日，水電部軍事管制委員會(huì)下發(fā)了《轉(zhuǎn)告國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)三門峽工程改建方案的意見(jiàn)》。當(dāng)月，三門峽樞紐第二次改建工程開(kāi)工。經(jīng)過(guò)方案細(xì)節(jié)的爭(zhēng)論，1970年至1972年，相繼打開(kāi)溢流壩1～8號(hào)原施工導(dǎo)流底孔；將電站1～5號(hào)發(fā)電機(jī)組的進(jìn)水口底檻高程由300米下臥至287米，改為低水頭發(fā)電。1973年至1979年5臺(tái)機(jī)組相繼并網(wǎng)發(fā)電。

　　1986年后·擴(kuò)大發(fā)電規(guī)模，問(wèn)題再起

　　1977年，河南省電力工業(yè)局成立了三門峽水力發(fā)電廠。1983年經(jīng)水電部批準(zhǔn)正式建立了三門峽水利樞紐管理局，開(kāi)始提出改革與經(jīng)營(yíng)的口號(hào)：“工程管理為基礎(chǔ)，電力生產(chǎn)為支柱，綜合經(jīng)營(yíng)大發(fā)展，企業(yè)才能邁大步。”

　　與此同時(shí)，管理局開(kāi)始繼續(xù)實(shí)施泄流工程二期改建，相繼打開(kāi)溢流壩9～10號(hào)原建的施工導(dǎo)流底孔，增設(shè)一門一機(jī)，門槽改建，6號(hào)、7號(hào)泄流排沙鋼管擴(kuò)裝為發(fā)電機(jī)組。2000年前進(jìn)一步打開(kāi)11號(hào)、12號(hào)底孔，至此，12個(gè)導(dǎo)流底孔全部打開(kāi)。改建工程至今尚未完全結(jié)束。而從1986年開(kāi)始，潼關(guān)高程開(kāi)始再次抬高。

　　2003～2004年·存廢之爭(zhēng)

　　2003年8月24日至10月5日，渭河流域發(fā)生了50多年來(lái)最為嚴(yán)重的洪災(zāi)。有1080萬(wàn)畝農(nóng)作物受災(zāi)，225萬(wàn)畝農(nóng)作物絕收。這次洪水造成了多處決口，數(shù)十人死亡，515萬(wàn)人口受災(zāi)，直接經(jīng)濟(jì)損失達(dá)23億元。但是這次渭河洪峰僅相當(dāng)于三五年一遇的洪水流量，因而，陜西省方面將這次水災(zāi)的原因歸結(jié)為三門峽高水位運(yùn)用導(dǎo)致潼關(guān)高程居高不下，渭河倒灌以至于“小水釀大災(zāi)”。

　　為此，10月份，水利部組織在鄭州召開(kāi)了“潼關(guān)高程控制及三門峽水庫(kù)運(yùn)用方式專題調(diào)研會(huì)”。會(huì)上，水利部副部長(zhǎng)索麗生說(shuō)：“三門峽水庫(kù)建成后取得了很大效益，但這是以犧牲庫(kù)區(qū)和渭河流域的利益為代價(jià)的。渭河變成懸河，主要責(zé)任就是三門峽水庫(kù)。”

　　2004年2月4日，陜西省15名人大代表提案建議三門峽水庫(kù)停止蓄水。3月5日，在陜西的全國(guó)政協(xié)委員聯(lián)名向全國(guó)政協(xié)十屆二次會(huì)議提案，建議三門峽水庫(kù)立即停止蓄水發(fā)電，以徹底解決渭河水患。