因原有的三條路徑已經(jīng)被證實(shí)難以走通，最終多方協(xié)調(diào)確定的新格局為：將三峽工程基金在三峽工程建成后轉(zhuǎn)化為大型水利工程建設(shè)基金，其中一部分(前期大概占到75%)用于南水北調(diào)工程建設(shè)，剩余部分用于三峽后期建設(shè)和扶持。

　　此時(shí)的資金結(jié)構(gòu)變?yōu)椋褐醒胪顿Y414億元，占16%；南水北調(diào)基金減少到290億元，占11%；貸款仍為558億元，占21%；水利工程建設(shè)基金1241億元，占49%；地方籌資43億元，占2%。

　　這種格局減輕了地方的負(fù)擔(dān)，亦為南水北調(diào)干線工程建設(shè)做實(shí)了建設(shè)資金來(lái)源。此外，各方還對(duì)未來(lái)(國(guó)務(wù)院批復(fù)可行性研究報(bào)告是2008年，工程投資以2007年物價(jià)水平測(cè)算，工程結(jié)束是2014年)可能的建設(shè)成本上漲預(yù)留了空間。

　　按國(guó)家審計(jì)署對(duì)項(xiàng)目進(jìn)行審計(jì)的最終結(jié)果，南水北調(diào)的最終建設(shè)成本可能在2546億元基礎(chǔ)上再增加約600億元，達(dá)到3000億元左右。增加部分通過(guò)延長(zhǎng)南水北調(diào)工程建設(shè)基金解決，仍不足部分則向銀行貸款，本息由水利工程建設(shè)基金償還。

　　但這仍然是較為保守的數(shù)字。國(guó)家發(fā)改委原副主任杜鷹則在一次建設(shè)會(huì)議上透露，隨著工程的進(jìn)展，估計(jì)南水北調(diào)一期工程通水時(shí)的成本將達(dá)3500億元。

　　“兩部制”真意

　　在南水北調(diào)工程總體規(guī)劃階段，已制定了南水北調(diào)工程水價(jià)形成的基本思路，即水價(jià)形成與資本市場(chǎng)開放程度相協(xié)調(diào)，達(dá)到既可使水價(jià)在居民和企業(yè)的承受能力以內(nèi)，同時(shí)又有利于達(dá)到籌集工程建設(shè)資金和維持工程良性運(yùn)行的目的。

　　為償還至少翻番的建設(shè)成本及利息，同時(shí)維持工程的后期運(yùn)營(yíng)，南水北調(diào)水價(jià)的制定，并不容易。

　　中國(guó)現(xiàn)行的水價(jià)制定標(biāo)準(zhǔn)是并不復(fù)雜的單一制水價(jià)，即“工程成本+稅費(fèi)+合理利潤(rùn)”。

　　但是，“如實(shí)行單一制水價(jià)，工程管理單位將完全受制于受水區(qū)的用水需求情況，”國(guó)務(wù)院南水北調(diào)辦經(jīng)濟(jì)與財(cái)務(wù)司司長(zhǎng)朱衛(wèi)東近期在《南水北調(diào)報(bào)》上刊文解讀，“一旦受水區(qū)用水量較少(甚至不用水)，工程管理單位將不能收取到足夠的水費(fèi)，無(wú)法償還工程運(yùn)行維護(hù)費(fèi)用及貸款本息，無(wú)法持續(xù)運(yùn)行。”

　　為滿足上述多重水價(jià)標(biāo)準(zhǔn)，南水北調(diào)在尚不成熟的基礎(chǔ)上設(shè)定了新的水費(fèi)收取模式，即“兩部制水價(jià)”。

　　所謂“兩部制”，是根據(jù)產(chǎn)品成本分為固定及變動(dòng)成本原理，將產(chǎn)品價(jià)格分為基本價(jià)格(或容量?jī)r(jià)格)及計(jì)量?jī)r(jià)格兩部分。前者對(duì)應(yīng)固定成本，后者對(duì)應(yīng)變動(dòng)成本及利潤(rùn)等變動(dòng)因素。這種制度下的基本價(jià)格按一定銷售量核定，不隨銷售變化而變化，計(jì)量?jī)r(jià)格則按實(shí)際銷售量收費(fèi)。