同一個賬戶公私混用屬實(shí)，但那筆被陳哲宇他們分配的50萬元，是否完全屬于被套取的科研經(jīng)費(fèi)的一部分？此50萬是否就是彼50萬？這成為該案備受爭議的要點(diǎn)之一。面對公訴人，他曾反問對方：如果你從一個賬戶中取出部分錢買了一臺電視，你能說明這部分錢是源自去年哪個月的工資嗎？

陳哲宇認(rèn)為，造成目前這個局面，更多的原因還是在于科研經(jīng)費(fèi)管理和使用的體制問題上。

近年來，針對科研經(jīng)費(fèi)管理體制的問題一直有討論。雖然國家層面也在出臺或修改相關(guān)政策，但正如一位專家所說：在實(shí)際的科研經(jīng)費(fèi)管理中，中央開了一個三米寬的大門，但到了行政執(zhí)行層面，被各種規(guī)定和細(xì)則約束得只剩下三厘米的門縫兒了。

套取科研經(jīng)費(fèi)的行為應(yīng)該譴責(zé)

陳哲宇在被帶走后曾對律師做過一個比喻：科研經(jīng)費(fèi)如同一桶水，按要求是申請一個瓢去舀，但申請程序很繁雜，且很可能瓢申請來了，水也壞了?！八晕矣蒙鬃尤ザ盗藥咨子糜诰S系實(shí)驗(yàn)室的科研。”其二審律師周澤認(rèn)為，這幾勺的量遠(yuǎn)遠(yuǎn)少于陳哲宇及其團(tuán)隊(duì)所應(yīng)得的。他覺得，無論是套取的400萬科研經(jīng)費(fèi)還是引發(fā)此案的那50萬元，真正導(dǎo)致目前狀況的實(shí)則是科研經(jīng)費(fèi)管理體制的問題。

據(jù)中青報報道，2015年3月，在完成對科技部、中科院的巡視后，全國人大常委、曾任中央第十巡視組組長的令狐安痛心地指出，普遍存在的科研經(jīng)費(fèi)報銷問題，大部分屬于現(xiàn)行規(guī)定及制度不合理造成的“逼良為娼”的現(xiàn)象。

中國人民大學(xué)法學(xué)院教授、博士生導(dǎo)師肖中華也曾就類似案例撰文稱，科研人員采取不正當(dāng)手段套取科研經(jīng)費(fèi)的行為，具有可譴責(zé)性，但不應(yīng)認(rèn)定為貪污罪。

中國社會科學(xué)院法學(xué)研究所副研究員支振鋒向錢報記者表示，科研經(jīng)費(fèi)只能用于協(xié)議所規(guī)定的研究目的。除非協(xié)議中有規(guī)定，科研人員可以通過開公司來就技術(shù)進(jìn)行試驗(yàn)或檢測，否則不允許通過公司來對經(jīng)費(fèi)進(jìn)行操作。