2016年11月28日至12月28日，中央第二環(huán)境保護督察組對上海市開展環(huán)境保護督察，該市的垃圾非法傾倒問題成為督察重點。

楊浦區(qū)綠化和市容管理局與無資質(zhì)的個人進行口頭約定，由其承運處理生活垃圾，部分垃圾非法跨省傾倒；嘉定區(qū)安亭鎮(zhèn)黃渡環(huán)衛(wèi)所違規(guī)將生活垃圾及垃圾中轉(zhuǎn)站委托無資質(zhì)的上?？导矣泻ι锓乐朴邢薰竟芾?，并允許其違規(guī)將垃圾運至外省處置。

督察組還指出，上海市的垃圾滲濾液污染問題突出，老港垃圾填埋場滲濾液處理設(shè)施升級改造工作滯后，安亭生活垃圾處理廠無滲濾液處理設(shè)施，每天大量滲濾液長期超標(biāo)排入污水管網(wǎng)；寶山區(qū)顧村垃圾堆場和閔行區(qū)朱家涇垃圾堆場已停運十余年，至今未完成封場，滲濾液流入場外雨水溝或直排河道。

中央環(huán)保督察組還著重調(diào)查了上海的水污染問題，并認(rèn)為，以水環(huán)境為代表的生態(tài)環(huán)境質(zhì)量依然是影響上海城市整體發(fā)展的突出短板。這一問題的根源是一些部門降低了環(huán)保工作的標(biāo)準(zhǔn)。

國務(wù)院發(fā)布的水污染防治行動計劃要求，長三角地區(qū)近岸海域匯水區(qū)域城鎮(zhèn)污水處理設(shè)施應(yīng)于2016年年底前全面達到一級A排放標(biāo)準(zhǔn)，但上海市2015年12月出臺的水污染防治行動計劃實施方案則將這項工作完成時限推遲到2020年年底。

此外，上海市水務(wù)局2015年11月印發(fā)《違法排放污水行政處罰裁量基準(zhǔn)(試行)》，將污水處理設(shè)施處于建設(shè)階段導(dǎo)致污水超標(biāo)排放的情形列為從輕處罰，中央環(huán)保督察組認(rèn)為，此舉違反了環(huán)境保護法的有關(guān)規(guī)定。

自降環(huán)保標(biāo)準(zhǔn)導(dǎo)致上海一些河段水質(zhì)下降。2016年，全市259個市級考核地表水監(jiān)測斷面中，有88個斷面為劣五類，占34%。2013年以來，寶山區(qū)水環(huán)境質(zhì)量呈現(xiàn)逐年惡化趨勢，2015年河流和斷面水質(zhì)達標(biāo)率比2013年分別下降30.7%和20.7%，16個考核斷面全部為劣五類。

在飲用水水源保護方面，上海市未按照相關(guān)法律法規(guī)要求，將閔行二水廠和奉賢三水廠取水口納入一級保護區(qū)范圍。黃浦江上游飲用水水源保護區(qū)仍然有100余臺浮吊船長期違法作業(yè)，部分浮吊船就在飲用水水源一級保護區(qū)內(nèi)。

上海市今天表示，截至2017年2月底，督察組交辦的1893件環(huán)境問題舉報已全部辦結(jié)，責(zé)令整改895家，立案處罰926家，罰款金額6211萬元，拘留17人，約談545人，問責(zé)56人。